第1集：宇宙世纪0096年，点燃新吉翁与地球联邦军战火的“夏亚之乱”事件发生后的第三年。在工业用太空殖民地工业7号上居住的少年巴纳吉･林克斯，与一名自称奥黛莉･伯恩的神秘少女相遇。巴纳吉决定帮助奥黛莉，一起阻止毕斯特财团与新吉翁残党军“带袖的”进行战争火种“拉普拉斯之盒”的交易。然而同样为了阻止交易而潜入殖民卫星的地球联邦军和“带袖的”开战，使殖民地沦为战场。巴纳吉为寻找奥黛莉，在战场上奔走之时，与“拉普拉斯之盒”的“钥匙”——机动战士独角兽，命运般相遇了。

第2集：现任毕斯特财团家族首领的卡帝亚斯，将“拉普拉斯之盒”的“钥匙”机动战士独角兽托付给了少年巴纳吉・林克斯，与“带袖的”成员玛莉妲･库鲁斯中校驾驶的刹帝力交战后，被隆德・贝尔所属的攻击型登陆舰“拟・阿卡马”号捕获。同时在舰上的，还有巴纳吉的朋友拓也和米寇特，以及为阻止“盒子”的交接，而与卡帝亚斯接触过的少女奥黛莉･伯恩。敌方一台MS单独对拟・阿卡马号发起了挑战。 这架红色MS被称为新安州，驾驶者弗尔･伏朗托是“带袖的”领袖，被称为“夏亚再世”的男人。

第3集：巴纳吉为了保护米妮瓦，驾驶独角兽敢达出击，与弗尔･伏朗托的新安州在战斗时被捕获，囚于新吉翁残党军“带袖的”据点–资源卫星帛琉。为将夺回巴纳吉和独角兽，联邦军中率领特种作战部ECOAS的塔克萨中校，配合拟・阿卡马号，对帛琉发动袭击。 巴纳吉趁乱带着独角兽逃出了帛琉，然而… NT-D系统的启动揭示了通往“拉普拉斯之盒”的路标，因此弗尔･伏朗托派出了玛莉妲和她的刹帝力，挡住了巴纳吉的去路。

第4集：围绕着“拉普拉斯之盒”的战斗波及到地球，甚至连地球联邦政府的首都达喀尔，也遭到了战乱波及。地球联邦政府的中心人物罗南･马瑟纳斯，为了阻止“盒子”的开启，与隆德･贝尔的司令布莱特･诺亚布接触。另一方面，降落在地球的巴纳吉，正前往特林顿基地，那里有关于“盒子”的新消息。然而，罗妮却受到吉翁残党的愤怒驱使，驾驶MA尚布罗大开杀戒。

第5集：巴纳吉在遭到突袭无路可逃的情况下仍然坚持隐藏拉普拉斯之盒的新坐标。布莱特从巴纳吉身上看到了历代敢达驾驶员所具备的坚持与可能性，为此不惜向并肩作战过的老朋友求助...

第6集：由于弗尔·伏朗托的介入成功逃离地球联邦军舰队追击的拟・阿卡马号，被迫与“带袖的”共同作战。另一方面，伏朗托公布了对付联邦军的秘策，企图问出指向“拉普拉斯之盒”的下一个坐标。而他口中冷酷无情的未来，使得巴纳吉与米妮瓦感到毛骨悚然。此时，一艘联邦军的巡逻舰接近了拟・阿卡马号。

第7集：具备颠覆地球联邦政府可能性的“拉普拉斯之盒”的所在位置终于大白天下。 那就是一切事件的起始之地，工业7号的墨瓦腊泥加。毕斯特财团的现任领导者玛莎‧毕斯特‧卡拜因，为了保护财团的利益，和外甥亚伯特･毕斯特陪同地球联邦政府中心领导、移民评议会议长罗南･马瑟纳斯，直接前往夏延山军事基地，企图终结这次事件。 另一方面，为了追上率先行动的弗尔・伏朗托夺取“拉普拉斯之盒”，巴纳吉・林克斯迅速赶往工业7号，却被驾驶报丧女妖・命运女神型的利迪，以及驾驶罗森．祖鲁的安杰洛挡住了去路。 首先抵达“墨瓦腊泥加”，来到“盒子”守护者塞亚姆跟前的人，究竟会是……。