舞台设定在了地球以外的其他星球。人们把自己所在的星球称为“大空陆”。在那里，人类一出生就必须以“女性”的身份生活。等到17岁的时候到“泉”那里选择性别而成为大人的时刻。为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。