与剧场版比克提尼与黑英雄捷克罗姆同时上映，为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智、天桐、艾莉丝带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个神秘的小家伙的帮助。他的反常举动引起了当地的美丽女孩卡莉塔的注意，最终众人发现，那个帮助了小智的家伙就是传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼……