哆啦A梦跟大雄用“时空洞”，抓到了一只很大的灭绝的鸟，它的名字叫做莫亚。大雄不忍心将它回到古代后要面临绝灭，于是把它带到专门收容绝灭动物的“绝灭之岛”。这个陌生的岛屿，拥有“黄金独角仙”所守护的不可思议力量，可以令古代生物得以继续生存至今。它同时是一个受未来人监管和研究的生态公园。要到那里就必须要由当地的专业向导安排。然而，在该处研究的绝种动物学家凯莉博士的冒失助手刚之助在前往大雄家的途中，却弄错时空，误把二十年前，儿时的大雄爸爸带到生态公园去了……