第1集：过去操纵Aquarion展开大激斗的神话的1万2千年后――地球被次元之门的彼岸袭击过来的无人机“Abductor”带来了巨大的威胁。作为对策，NEO DEAVA开始运用“Aquaria”。男女之间的合体被禁止神圣的合体兵器才能对其作出伤害。在暂时平稳的日常之中，播映“Aquaria舞动于空”的少年，阿马塔与独自一人在电影院中的少女御子乃邂逅了。因其脸上流下的一滴眼泪。阿马塔突然决定向御子乃发出约会的邀请。但这份邂逅是否是命运的使然便不得而知了。

第2集：被有人型Abductor的袭击，为了保护自己，禁断的男女合体成功合体,将“Aquarion EVOL”觉醒的阿马塔和御子乃。他们被带至NEO DEAVA为了育成Element而运营的学园里去了。这个学园的名字叫“圣天使学园”。是所被无比高耸的“柏林墙”将男女学生的学园。将禁断的力量觉醒的阿马塔和御子乃，一下子就成为学园的关注人物了。

第3集：阿马塔向御子乃进行了全心全意的谢罪。但是，被判断为没有Element能力的御子乃抱着复杂的心情决定离开圣天使学园。另一方面，Altair最年轻的战士Jin率领Abductor捕捉Rare Igura而袭击新九龙。与至今为止不一样的控制下的Abductor战斗，Aquarion因此而陷入苦境。

第4集：为了解明Aquarion的谜团而旅行的不动总司令和克蕾雅理事长回归。由克蕾雅透露出Aquarion的秘密。Aquarion是由朋友以上恋人未满这样近乎极限的感情发挥出力量——因柏林墙被破坏而还未来得及喜悦的学生们被告知“禁止恋爱”。男女混合队伍开始了不允许发展“恋爱”，在“恋爱”面前悬崖勒马的特训。

第5集：突然间出现在阿马塔和御子乃面前的神乐，向御子乃说出了“很臭”这个词。将被夺走的御子乃和出手阻止的阿马塔。这次“禁断的邂逅”作为强烈的印象刻印于三人的心中——加上Abductor的袭击，怪炎、婕希卡、安迪被授予出击命令。在越来越猛烈的Abductor的攻势下。山茶花等人却出现了疑问，为何在训练中一直获得第一的修雷特没有在实战中出场？

第6集：感觉不到男女共同学习应有的氛围，和两者之间的心灵墙壁的安迪提出换座位的天。但是，没有获得想要的座位而悔恨的安迪，道出了使大家都得到瞩目，关于消失的Element的学生，“恐怖的毛绒玩偶”的故事。这天夜晚，阿马塔和婕希卡一起回去的时候，在走廊的转角处目击到了玩偶。而后，听到了不知哪里发出的不寻常的小调歌。

第7集：安迪在挖洞时发掘出迷之古文书，那是记载“禁断的Aquarion”自由操纵方式的“创世之书”？还是...有将古代文字流利地解读出来的Mix的能力带着期待的目光所得出的答案是？另一方面，上次的战斗完全败北的Jin准备好万全之策，搭乘重装甲型Radius Gunis。之后再一次向Vega发起进攻。

第8集：挖“洞”就是生存的价值，“洞”就是人生之本这样明明白白说出来的安迪·W·霍尔。另一方面，对“洞”异常地讨厌的Mix。安迪因Mix对洞的侮辱而相当愤怒，但也听到了Mix的“讨厌洞”的原因。对应Abductor的袭击，不动的命令共同出击的安迪和Mix。性格相反的两人的合体是！？