U.C.0079年，一年战争末期，联邦军对应阿姆罗・雷的能力，秘密地在中立卫星SIDE 6开发新型敢达。持有对MS好奇心理的少年阿尔弗雷德拍下了新敢达ALEX的有关资料，引来了吉恩军的特种部队“独眼巨人CYCLOPS”，还与其新成员巴尼结下了深厚的友情。巴尼的任务是要摧毁ALEX，否则吉恩军将不惜用核弹摧毁中立卫星SIDE 6。在阿尔弗雷德的帮助下，巴尼与ALEX展开生死对决。但他却不知道，此时吉恩军已经宣布战败，而他的对手高达ALEX的驾驶员是他的恋人克莉丝汀娜・玛肯吉。