为了重新封印被野心家玛鲁斯复活的魔王道斯，主人公克雷斯和女主人公敏特在朋友切斯塔和莫里森的帮助下，被时空转移法术送到了100年前的过去。 在那个时代召唤师克拉斯和可爱的魔法师阿洁正在协助米德加鲁斯军队抵抗道斯怪兽军团的侵略，后人称为“瓦尔哈拉战役”。由于无法回到以前的时代，敏特他们决定留下来帮助保卫米德加鲁斯。 战斗中，米德加鲁斯骑士团长莱赞启动了魔导炮，由于耗尽了世界树的玛娜能量而发生暴走，将米德加鲁斯城夷为平地。这个时候万物之母玛蒂露向敏特发出呼救，而魔王道斯也出现在她的眼前……