本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……　　众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”代替）和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪Den-Liner之旅。　　另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车Gao-Liner，且抓住了追踪到来的良太..