本作剧情承接TV动画版第24集，第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击。 精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲..