本作故事发生在2045年，经济灾难“全球同时违约”爆发，令所有纸质和电子货币失效后，“四大国联盟”陷入永不结束的“可持续战争”，保持经济运行。在这个世界中，草薙素子、巴特和其他公安九课的成员把自己卖给了雇佣兵组织，以“GHOST”的名义展开行动，利用他们的控制增强组件和战斗经验谋生，同时消除全球的战争热点。然而，后人类出现和前部长荒卷大辅发现的一个阴谋，令公安九课被迫再度集结。本季延续第 1 季结尾的悬念，公安九课与威胁人类存活的“后人类”终于开打。