第1集：时间是战国，在山海的秘境——纪之国生活的孙一和枪炮集团、杂贺众的伙伴们一起生活着。孙一沉迷于轻松的雇佣兵行业，某天，他被穿着奇怪铠甲的集团袭击了杂贺的村落。为了保护村子和伙伴拼命战斗的孙一，被数量压倒，毫无办法地被蹂躏。孙一打算讨伐敌将，结束战斗…

第2集：孙一被自称三郎的男子救了命，袭击村庄的是从异国来的名为君克斯塔多尔的侵略者们。和同样被三郎救了命的杂贺众木偶一起回到村子里的孙一看到了被烧成原野的村落和被残忍杀害的人们...

第3集：从村子的袭击中逃出来的杂贺众的鹤首和萤火虫，负伤的鹤首回想起了作为幕府的刺客而生存的年轻的日子，以及与萤火的相遇，为了保护萤火虫，鹤首做出了一个决定...

第4集：作为刺客培育的萤火虫的过去被揭开，萤火虫火所持有的阿玛《灵龟流转》是通过刺客和被养育长大的孩子们互相残杀而获得的。为了生存，只能杀朋友...

第5集：杂贺众的黑冰是假肢，身体的所有部分都由阿玛制造而成的机关型男子。只有一个人与克林塔多尔军队进行战斗的黑冰回想起了和父亲一起度过的过去...

第6集：康克斯塔多尔的首领是孙一的弟弟卢西奥，打算带回孙一的露西用压倒性的力量打倒了杂贺众，将刀刃朝向了木偶的脖子。在凶刃即将挥舞的瞬间，孙一隐藏的力量觉醒了...

第7集：三郎开始了地狱的修行，杂贺众的凤蝶也突然回来，参加修行。孙一等人怀抱着各自的想法，拼命想要变强，但在实战形式的训练中连赤手空拳的三郎都赢不了...

第8集：青年时代，三郎救了一位被强盗袭击的女性，其名为沙罗。据说他是从伊斯巴尼亚来到日本的。在一起度过的过程中，三郎和沙罗互相吸引并过着平静的生活...

第9集：杂贺众的不如意归带领着克林塔多尔兵，袭击了孙一等人所在的隐居地。不如意归对激动的孙一说：“我从来没有把你们当做伙伴。”...

第10集：三郎和露西发动龙眼，展开激烈的剑戟，此时孙一还没有找到战斗的意义。露西为了让孙一复原，强行唤醒记忆...

第11集：拿着日之本最强的阿玛《天丛云剑》而刺杀三郎的是凤蝶，燕尾蝶是根据露西的命令潜入杂贺之乡的人类。那个时候孙一他们正在研究阻止君克斯塔多尔进军的对策...

第12集：与康克斯塔多尔的最终决战开始了，拼尽全力战斗的孙一等人，在与背后的龙脉一体化的露西面前毫无办法地被打倒。为了守护同伴而战斗的孙一，为了引导世界而战斗的三郎，以及打算毁灭世界的露西...