本作故事设定在 2032 年，初代《银翼杀手》事件结束 13 年后，《银翼杀手 2049》时间线的 17 年前。动漫中一名年轻女子在一幢沙漠中的废弃房屋中醒来，肩上纹有莲花纹身，并且身怀致命绝技，但毫无记忆自己是如何来到此地的。她被一群枪手捕杀，却发现自己无法对追杀自己的人造成伤害。解开她秘密的唯一线索是一个上了锁的数据设备和一个黑莲纹身。拨开迷雾，她必须追查那些对该她残酷而血腥的过往有个交代的人，以找出她身份迷失的真相...