第一话：宣布与D2停战的《扎甘宣言》之后过了4年。世间依然将“音乐”视为禁忌，无人奏响旋律。在荒废的美国，对音乐一无所知的少年，有一天听到了钢琴的旋律。演奏的人是黑发青年——“磔人”。而被他的音乐吸引而来的，是强大的怪物D2，和仗剑的少女“命运”。

第二话：所有的开始都是10年前。袭击波士顿街道的D2和沾满鲜血的音乐厅——被称为“波士顿惨剧”的事件。其中丧命的名指挥者朝雏健次正是拓人的亲生父亲。失去父亲的少年一个人埋头于钢琴。将自己的愤怒融入音色中。照顾这样的他的是和“命运”长着同样表情的少女“kozet”。

第三话：把自己变成了“命运”的奇迹。命运说自己是“为了打倒D2的存在”。被命运托付指挥棒的指挥棒，作为“指挥”首次发挥其力量。出现在这样的拓人面前的两个人物——《列尼》和《巨人》。他们是属于对D2战略据点“纽约交响乐”的正式指挥家和穆斯托。

第四话：他和命运一边接受雷尼和巨人关于“正确的战斗方式”的演讲，一边以纽约为目标进行旅行。但是，依旧是无法合拍的拓人和命运。那个时候，偶然和雷尼的老朋友“乔纳森”再会。乔纳森带着拓人去了自己住的“拉斯维加斯”。

第五话：雷尼和巨人分别后的拓多一向，在烈日炎炎的荒野上前进。其中，由于与D2的战斗余波使大陆横断铁路紧急刹车。从铁路上出来的是白色甲胄的梅花鹿和妖艳笑容的梅花鹿。带着两位梅赛特的男子“新特勒”自称自己是纽约交响乐团的首席指挥官“首席指挥官”。

第六话：路过某条街的出租车们。那里没有年轻人了，只有年迈的人们居住着。安娜和命运因为意外的事情而被他们求助。另一方面，一个人在街上闲逛的拓人，听到了从旧酒吧里传来的声音。那无疑是“音乐”。

第7集：在旅途中看到被破坏的小镇的安娜和命运，以及一个接一个开始觉醒的D2袭击了城市和人们。世界又回到了4年前的《扎根宣言》之前的状态。在日益增大的D2威胁中，拓特一个人埋头于什么？在白纸的五线谱前，拓人拼命想创造出什么东西，敲击着虚空的键盘。

第8集：开始觉醒的D2，被袭击的拓特的故乡和高泽特的死，全部都是辛特勒策划的。为了疲惫的世界，辛特勒打算抛弃下等者。知道了科赛特死亡的真相的他，愤怒地向希特勒进发。但是，因为“地狱”而受伤的指挥棒。看到流着血的拓人的样子的命运，心中涌起了至今为止从未感受过的感情。

第9集：抵达目的地纽约的指挥棒们，她将与安娜的姐姐、在新加坡技术开发部门工作的夏洛特再会。夏洛特开始检查残缺的梅卡托的命运。但是那个时候，安娜注意到了拓特的异变...

第10集：雷尼想起了自己的过去，雷尼想起了无可替代的人的面容，全部都是为了做该做的事情而积累起来的今天。和巨人一起前往约定场所的列尼，打算向拓特和命运宣告一切真相。然而，在那里却有意想不到的人在等待着...

第11集：与扎根哼唱的音色一起巨大的黑夜陨铁蠢动，像大树一样开始成长的黑夜陨铁吞噬了纽约新喀尼卡。萨根开始行动，以实现自己的目的。看到这种异样的景象的拓人和命运...

第12集：命运是多么残酷的东西啊，但是不管神有多不幸，我都要面对命运，为此而战斗，战斗，持续战斗——最终我得到了“答案”...