第1集：在一万米上空飞行的飞机被劫持了。少年君冢君彦被自称是侦探的神秘少女谢丝塔任命为助手，前往驾驶舱。在那里，自称代号为“蝙蝠”的男子将机长作为人质。蝙蝠作为释放人质的条件是要求谢丝塔推理“劫持飞机的理由”。

第2集：和谢丝塔死别1年了。君冢沉浸在名为日常的温水中。同学夏凪渚来到了君冢身边。夏凪为了寻找身份不明的人物X向君冢提出了委托。为了实现夏凪的委托，君冢请求警官加濑风靡的协助。风靡介绍的是监狱。君冢与曾经展开过死斗的蝙蝠再会。

第3集：在君冢和夏凪面前突然出现了一位中学生偶像斋川唯。她收到了一封信，信上写着“在巨蛋演唱会当天我将带走价值30亿日元的蓝宝石”。君冢和夏凪为了继承谢丝塔的遗志接受了斋川的委托。然而，在演唱会前一天的彩排中，神秘男子向舞台上的斋川靠近……

第4集：“斋川唯在说谎。”君冢看穿了凶手，凶手的目标不是宝物库里的蓝宝石而是斋川自己，在巨蛋演唱会当天，君冢和夏凪一起前往演唱会会场。2人在演唱会热闹的会场中寻找潜藏的犯人，但是怎么也找不到他的藏身之处。焦虑越来越强烈，时间一分一秒地逼近。

第5集：故事发生在一年前。人的心脏被咬断这样的怪事接连发生。谢丝塔和君冢发现这次事件是秘密组织SPES的一员刻耳柏洛斯所为，计划进行诱饵调查。充当诱饵的君冢在漆黑的房间里追击闯入的人影。但是出现的却是仰慕谢丝塔的少女夏尔。

第6集：谢丝塔和君冢战胜突然出现的SPES的最高干部赫尔。作为代价，谢丝塔的腿部受伤，需要2周左右的时间才能痊愈。被拜托办事的君冢在小巷里的纸箱里遇到了沉睡的少女艾丽西亚。君冢询问身边的人，但艾丽西亚已经失去了记忆……

第7集：在谢丝塔的疗养中，君冢与成为侦探代理的艾丽西亚一起寻找“蓝宝石之眼”。那样的日子也只是短暂的，3人为了祝贺谢丝塔的痊愈而来到餐厅。谢丝塔把酒杯递给君冢，想让他来弥补苹果派的遗憾，等回过神来，夜已深。回到房间的谢丝塔坐在床上，对君冢说：“过来这边”。

第8集：君冢和谢丝塔意识到前几天见到的风靡是假的。就在动摇的时候第五个牺牲者出现了。为了打倒赫尔不择手段的谢丝塔和尊重遗属心情的君冢擦身而过。三天后，艾丽西亚被卷入事件。虽然君冢在亚利西亚的平安生活中放心了，但他开始意识到难以接受的现实……

第9集：为了夺回艾丽西亚，谢丝塔、君冢和谢尔三人终于来到了SPES的据点。他们兵分两路，君冢和谢尔一起行动，与SPES的老大“seed”对峙，知道了SPES的真实身份。另一方面，谢丝塔与赫尔再遇，她试图夺回艾丽西亚。

第10集：君冢和夏凪本来要履行“一起去海边”的约定，但由于斋川的规模感不同，被邀请乘坐豪华客船进行游轮旅行。享受着乘船旅行的3人，曾经是君冢的伙伴的谢尔出现了。谢尔正在调查据说睡在客船上的“谢丝塔的遗产”。第二天早上，船内开始播放令人毛骨悚然的广播。

第11集：君冢与变色龙进行对峙。虽然总算救出了夏凪，但猛攻仍在继续。得到谢尔的帮助，君冢一度将敌人逼入绝境，但变色龙的一击击碎了甲板，君冢落入下层。在朦胧的意识中，与谢丝塔死别那天的记忆复苏……

第12集：就在君冢的拳头和变色龙交会的刹那，从天花板射出的子弹贯穿了变色龙。在场的毫无疑问是“名侦探”。“你做我的助手吧。”时隔4年的呼唤，让君冢想起了万米高空那令人怀念的记忆。名侦探和他的助手一边讲述着过去的故事，一边把枪口对准了变色龙。