第1集：2020年夏，东京突然发生网络故障。系统误操作、信息泄露、对交通管制产生影响，市中心陷入混乱。小学五年级的八神太一得知自己的母亲和妹妹小光被困在了首都环状线。在四年级的泉光子郎协助下，太一掌握了事态的严重性，当他开始奔跑时，呼唤他的声音和强烈的光线迸发出来，滚球兽飞来了。他是生活在网络空间的生命体——数码兽的一种。当滚球兽被太一抱住时进化成了亚古兽。而同时，太一手中出现了被称为“数码器”的奇怪道具。

第2集：将太一和亚古兽从危机中救出来的是小学五年级的石田大和，原来他与加鲁鲁兽一起比太一先一步进入网络空间。大和得知危险正在降临美军网络后，先行一步展开行动。太一因为有这位人类少年而获得了力量，他一边和光子郎共享情报一边赶路。陷入失控状态的美军系统，使得搭载导弹的核潜艇发出错误指令，让导弹进入发射状态。导弹直击逼近中，太一他们到达网络空间内的军事系统，他们对阿耳戈兽的进化形态完全体惊呆了。

第3集：太一与大和站在奥米加兽两肩。阿耳戈兽究极体攻击奥米加兽，但奥米加兽毫发无损地压制，终于击败了究极体。然而导弹并未停下来。太一与大和为了改变导弹轨道，与奥米加兽一起将力量注入到了数码器中。奥米加兽随着剑一闪将光释放到网络，终于成功改变了导弹轨迹。但是导弹在空中爆炸，其冲击力将太一与大和弹出了网络空间。太一回到了光子郎所在的车站处。

第4集：被数码器的光包围着太一来到一个与现实世界非常相似的大自然扩展的不可思议的地方。根据亚古兽所说，这里是数码兽们居住的世界——“数码世界”。太一寻找应该一起来的光子郎，眼前出现的却是同班同学阿空。在数码器所照亮的石板的指引下，太一、亚古兽和阿空以名为“神殿”的地方为目标开始了旅行。但在他们面前突然出现了凶暴的空中飞行昆虫型数码兽——狙击兽。另一方面，光子郎与搭档数码兽甲虫兽相遇了。

第5集：太一碰触了神秘石板后，从石板处听到了神秘声音。该声音称呼太一他们为“被选中的孩子”，讲述了过去笼罩在数码世界的光与暗的战争。如今暗之数码兽再次出动，并开始对现实世界的数字器械产生影响。要阻止事态发展必须要「神圣数码兽」的力量。但太一他们和光子郎受到暗之数码兽的袭击，逐渐陷入了不能逃脱的状态。为了保护陷入绝境的光子郎，甲虫兽发光了！

第6集：太一和素娜在森林中穿行，被设下的陷阱困住了。这时，一群幼年期数码宝贝种子兽和一个名叫太刀川美美的人类女孩出现了，美美说她是被吸进数码宝贝世界的，她以女王的身份在村子生活。这个陷阱是为了保护自己不受野蛮凶恶的数码宝贝攻击。太一和素娜帮助美美脱身，但奥加兽在密切关注着被选召的孩子，并开始接近他们… …

第7集：以大陆为目标，太一他们终于抵达海岸。与太一他们同是小学生的六年级的城户丈和哥玛兽正在那里。但是，以一流中学为目标的备考生阿丈对突然来到数码世界感到非常困惑，无法接受自己的使命，也不认可哥玛兽作为自己的搭档。太一他们在无法说服阿丈的情况下准备远渡大陆，但栖息在海中的凶暴数码兽墨鱼兽却挡住了他们的去路。哥玛兽与太一他们并肩作战，看到他奋战样子的阿丈……

第8集：阿丈和哥玛兽入伙，太一他们以大陆为目标渡海。突然，数码器的信号被切断。他们惊讶地看到了登陆预定点，发现那里耸立着自然丰富的岛上没有的人工构造物——要塞。在要塞里，由金刚兽担任狙击手，日轮兽担任观测手，坦克兽负责炮击的部队在等着太一他们，为了不让他们登陆而展开炮击。太一他们面对子弹束手无策。就在这时他们被神秘少年和数码兽所救，这位少年原来是大和与搭档加布兽！

第9集：太一他们闯入敌人要塞，在那里他们获得了神圣数码兽被囚的情报。但这时，过去在与暴龙兽的战斗中被打败的恶鬼兽化身为复仇鬼来袭，要与暴龙兽一决胜负。在要塞的广场，暴龙兽与恶鬼兽的激战开始了。双方一步都不退让，战斗进入白热化。然而此时，被声鸟兽操控的核龙兽部队从上方来袭。阿空他们正想办法避开他们的攻击，但要塞内没有躲避之处，孩子们陷入了危机。

第10集：奥加兽指出前往神圣数码宝贝的路线，但是,太一至今也没能找到打败完全体的办法，为了给同伴们开出前进的路，充当诱饵的太一与亚古兽，为了微小的希望堵上了一切，挑战最强的敌人。

第11集：横渡沙漠地带的素娜一行人，被潜藏在地底的数码宝贝所侵袭命悬一线。就在此时，加鲁鲁兽发出了咆哮，我行我素的阿和为了同伴们赌上性命之时，发生了奇迹的进化...

第12集：美美与巴鲁兽在地下遗迹中开始了冒险，但是美美却被暴走的完全体安杜路兽追击，前往营救的太一等人是否能赶上去营救美美呢？面对一筹莫展的危机，与心地善良的数码兽相遇的美美和巴鲁兽会出现奇迹...

第13集：被空中要塞炮蜂兽所捕获的弱小数码宝贝们，抱着必死决心和敌人大编队展开了空中大战，但是无法逃脱。就在全员将被歼灭之时，发誓要拯救那些数码宝贝们，素娜的大爱为比丘兽带来了新的光辉…...

第14集：冒险的舞台转移至溪谷大迷宫，被四面八方来袭的古加兽追击，只有光子郎和甲虫兽能救四面楚歌的太一，但是所有的搜查手段和想用的资料都不见了，光子郎究竟能否冲出大迷宫呢？

第15集：在宽阔的雪山大冒险中，完全体长毛象兽向阿和一行人逼近，为了解救被冻住身体的素娜，加鲁鲁兽在雪地疾驰。当阿和与素娜走投无路时，阿助与海狮兽挺身而出...

第16集：太一他们所抵达地方是仿佛什么都没发生过的和平东京，但城市里发生了许多不可思议的事情，在背后活跃的是令人毛骨茸然的神秘数码宝贝。在谜团重重的东京，他一等人看到了令人震惊的真相...

第17集：武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

第18集：武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

第19集：武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

第20集：阿和的弟弟——高石岳，惊现在数码宝贝世界，但是却被黑鹰兽绑架了。 太一和阿和与伙伴数码兽拼命追逐黑鹰兽最终将阿岳解救下来，瞬息之间，太一和阿和却收到了来自黑鹰兽的致命攻击。就在这千钧一发之际，突然有一道闪光飞射而来…