电视动画《消灭都市》改编自Wright Flyer Studios制作的同名手机游戏，动画中的一天，某个都市突然消失数以万计的人们被卷入这次事件，这次事件被称为消失事件，消失的地区被人们称作失落之地。 三年后，运输员-拓也接到一项委托，与消失事件中唯一生还的蓝发少女-小雪一起，凭借着小雪的父亲所发来的信息，前往失落之地，但阻碍在两人面前的是已故之人的情感，暗中活动的神秘组织还有隐藏的阴谋。 拓也和小雪，完全互不相识的两人在旅途中逐渐加深羁绊，逐步逼近消失事件的真相……