故事发生在公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡的危机。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队，也在冥王星战役中惨遭全灭。正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了「波动引擎」的大和号正缓缓地启动，即将展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途…